Die Blastozyste (griech. blastos = Knospe) ist ein Entwicklungsstadium der Embryogenese und geht etwa am 5. Tag nach der Befruchtung aus der Morula hervor. Dieses Zellstadium beginnt um den fünften Tag nach der Befruchtung. Zu diesem Zeitpunkt befindet sich die Blastozyste bereits in der Gebärmutter und besteht aus 200 bis 300 pluripotenten Zellen.

Erstmals in der Embryogenese erfolgt eine Differenzierung der Zelltypen. Aus den inneren Zellen (Embryoblast) wird sich später der Embryo entwickeln. Die äußeren Zellen (Trophoblast) übernehmen zunächst eine Schutzfunktion, denn die Hülle der Eizelle (Zona pellucida) löst sich allmählich auf und gibt die Blastozyste frei. Der Trophoblast kann jetzt an die Gebärmutterschleimhaut anwachsen, womit die Einnistung beginnt.

Die Blastozyste folgt in der Embryogenese auf die Morula und schließt an die Gastrula an. Mit der Entwicklung der Blastozyste hat eine erste Zelldifferenzierung stattgefunden. Aus den zuvor totipotenten Stammzellen, die über die Fähigkeit verfügen, sich in jede andere Zelle zu entwickeln, sind nun pluripotente Stammzellen geworden. Diese Stammzellen sind in ihrer Entwicklung auf die drei Keimblättern (Ektoderm, Entoderm, Mesoderm) festlegt und bestimmen damit die weitere Embryogenese.

Auch für Schwangerschaftstests haben die Zellen der Blastozysten eine wichtige Bedeutung. Einige Zellen der Blastozyste produzieren das Hormon Humanes Choriongonadotropin (hCG). Die meisten Schwangerschaftstests basieren auf dem Nachweis von hCG, dessen Konzentration bereits nach dem fünften Tag der Einnistung erheblich in Urin und Blut der schwangeren Frau zunimmt und somit für einen Test nachweisbar wird.