Autoimmunerkrankungen (altgr. autós = selbst) sind Krankheiten, bei denen das Immunsystem eigenes Körpergewebe als fremdartig erkennt. Die ausgelößte Immunreaktion richtet sich somit gegen den eigenen Körper. Infolge kann es zu schweren Einschränkungen der natürlichen Körperfunktionen kommen. Ein Großteil der Autoimmunerkrankungen kann darüber hinaus auch tödlich verlaufen.

Praktisch kann jedes Körperorgan und jedes Körpergewebe von einer Autoimmunerkrankung betroffen sein (siehe Tabelle unten). Die genauen Ursachen sind aktuell noch unbekannt. Eine mögliche Theorie zur Entstehung vermutet, dass aus dem Thymus einzelne, fehlerhafte Antikörper in den Blutkreislauf gelangen, die auch auf körpereigene Eiweiße reagieren und als Antigen erkennen.
Der Thymus gehört zu den lymphatischen Organen des Körpers. Dort erfolgt sowohl die Umwandlung von Lymphozyten zu T-Lymphozyten, als auch deren Vermehrung. Nur T-Lymphozyten ohne Reaktion (Immuntoleranz) auf körpereigene Eiweiße, gelangen im Normalfall zurück in den Körperkreislauf. Im Durchschnitt sind das etwa 5% bis 15% der Gesamtzahl an gebildeten T-Lymphozyten. Die übrigen werden noch in der Thymusdrüse selbst wieder zerstört.

Eine Möglichkeit zur Therapie von einigen Autoimmunerkrankungen liegt in der Gabe von Immunsuppressiva zur Immunsuppression.