Antikörper (Synonym: Immunoglobulin) sind Plasmaproteine aus der Gruppe der globulären Proteine, die in Reaktion auf das Vorhandensein von Antigenen vom Immunsystem, genauer gesagt den B-Lymphozyten, gebildet werden.
Die Antikörper auf bereits bekannte Erreger schwimmen frei im Blutkreislauf. Gelangen Antigene in den menschlichen Organismus binden Antikörper an deren Oberflächenstruktur an. Gleichzeitig forciert das Immunsystem die Ausdifferenzierung weiterer bindungsspezifischer Antikörper, d.h. sie können nach dem Schlüssel-Schloss-Prinzip nur an ganz bestimmten Oberflächenstrukturen anknüpfen. Das ist enorm wichtig, da ansonsten die Gefahr bestünde, dass auch körpereigene Proteine von den Antikörpern als fremde Zellen erkannt würden. In diesem Fall spricht man auch von einer Autoimmunerkrankung.

Trifft ein Antikörper auf sein bindungsspezifisches Antigen, kann abhängig vom der Klasse des Antikörpers folgendes ablaufen, um das Antigen unschädlich zu machen:
1. Der Antikörper bindet an das Antigen, wodurch sich dessen Struktur so verändert, dass es weder an Körperzellen andocken kann, noch seine schädliche Funktion imstande ist, auszuüben.
2. Der Antikörper bindet an das Antigen, wodurch er dieses für körpereigene Immunzellen markiert. Natürliche Killerzellen erkennen die Markierung und verursachen mittels Apoptose bei der Zielzelle den Zelltod.
3. Der Antikörper besitzt mehrere Bindungsstellen für Antigene, wodurch ein Antikörper die Verklumpung mehrer Antigene herbeiführen kann (Agglutination). Die miteinander verklumpten Zellen sind infolgedessen nicht mehr 'handlungsfähig'.
4. Der Antikörper bindet an das Antigen und verändert seine Oberflächenstruktur so, dass Makrophagen die Zelle als körperfremd erkennen und phagozytieren (Opsonierung).

Ein Antikörper besteht aus zwei identischen leichten Ketten (light chains, gelb markiert) und zwei identischen schweren Ketten (heavy chains, rot + blau markiert). Letztere sind über eine Disulfidbrücke zu einer ypsilonartigen Form miteinander verbunden. Die Bindungsstellen für die Antigene befinden sich innerhalb der variablen Domäne am Ende der Ketten. Variabel deshalb, weil sich die Form des Antikörpers verändert, sobald ein Antigen dort andockt. Diese Andockstelle wird auch als Fab-Fragment bezeichnet. Die konstante Domäne bleibt in ihrer Form dagegen unverändert, zumindest im Bezug auf die Antigen-Antikörper-Reaktion. Makrophagen oder NK-Zellen erkennen die veränderten Strukturen, binden an die für sie spezifisch passende Kette an und beginnen mit dem Abbau des Immunkomplexes bzw. induzieren den Zelltod.