Unter Rekombination versteht man die Neuverteilung von Erbgut während der Meiose. Die Rekombination macht es quasi unmöglich, das zwei identische Nachkommen gezeugt werden und ist somit maßgeblich für eine hohe genetische Variabilität.
Im Gegensatz zum Evolutionsfaktor Mutation, die neue Variationen schafft, sorgt die Rekombination nur für eine andersverteilung des vorhandenden(!) genetischen Materials. Damit findet keine Veränderung des Genpools statt.
Rekombination in der Gentechnik: Mithilfe von "Werkzeugen" kann in der heutigen Gentechnik eine rekombinante DNA im Verlauf einer Klonierung künstlich geschaffen und anschließend durch Vektoren (Plasmide oder Viren) den Organismen wieder hinzugefügt werden. Die konventionelle Methode basiert auf der Idee, anhand von Restriktionsenzymen die DNA an bestimmten, erkennbaren Sequenzen zu schneiden und mittels Ligase (Enzyme zur Verknüpfung zweier Moleküle) wieder zu verbinden.

Interchromosomale Rekombination: In der Metaphase innerhalb der Meiose "versammeln" sich alle Chromosomen in der Äquatorialebene (siehe Bild rechts). In der folgenden Anaphase kommt es nun zu einer zufälligen Verteilung der homologen Chromosomen, die von den Zugfasern des Spindelapparates an den Rand der Zelle gezogen werden. Auf diese Weise werden die Chromosomenpaare neu kombiniert. So können sie nun aus väterlichen und mütterlichen Chromosomen bestehen.

Intrachromosomale Rekombination: Betrifft die Rekombination zwischen den homologen Chromosomen innerhalb der Meiose. Bei der Prophase legen sich die Chromatiden übereinander (crossing over = übereinander legen). Es kann dabei zu einem Bruch von Teilabschnitten kommen, die anschließend mit Teilen des anderen Chromatids wieder geschlossen werden, sodass es letztendlich zu einem partiellen Austausch der Chromosomen von väterlichen und mütterlichen Chromosomen kommt.