Bei einer reproduktiven Isolation besteht kein Genfluss mehr durch eine, oder mehrere Fortpflanzungsbarrieren. Fortpflanzungsbarrieren können innerartlich, aber auch außerartlich wirken und führen dauerhaft zum Entstehen einer neuen Art (Ausnahme: Isolation durch Sterilität).

Zeitliche Isolation: Arten können sich nicht miteinander fortpflanzen, weil sie sich während unterschiedlicher Jahreszeiten/Tageszeiten fortpflanzen (z.B. bei Froscharten, deren Paarungszeit in unterschiedlichen Monaten liegt).
Genetische Isolation: Durch zufällige Mutationen können Individuen nicht mehr mit der Ursprungspopulation fortpflanzungsfähig sein.
Physiologische Isolation: Aufgrund der unterschiedlichen Form der Kopulationsorgane können sich bestimmte Arten nicht miteinander fortpflanzen (z.B. bei nah verwandten Insektenarten).
Ökologische Isolation: Durch das Ausnutzen von unterschiedlichen ökologischen Nischen im selben Gebiet kommt es zu einer reproduktiven Isolation (z.B. Darwinfinken, die unterschiedliche ökologische Nischen besetzten, manche Individuen ernährten sich von Insekten, andere von Körnern).
Geografische Isolation: Wegen geografischen Barrieren können Teilpopulationen einer Art sich nicht untereinander fortpflanzen (z.B. durch Kontinentaldrift oder eine Erhöhung des Meeresspiegels).
Verhaltensisolation: Unterschiedliches Verhalten während der Paarungszeit isoliert Arten voneinander (z.B. haben nah verwandte Vogelarten, die sich zur selben Zeit paaren, einen unterschiedlichen Balzruf ).
Sterilität: Bei der Kreuzung zweier nicht Verwandten Arten können Bastarde mit einem ungeraden Chromosomensatz entstehen, die nicht Fortpflanzungsfähig sind. (z.B. bei einer Kreuzung aus Esel und Pferd sind die Nachkommen allesamt unfruchtbar, weil sie einen ungeraden Chromosomensatz besitzen, der eine Bildung von Gameten unmöglich macht).
Polyploidie: Unter Polyploidie versteht man das Vorhandensein von mehr als zwei Chromosomensätzen. Fortpflanzung ist nur unter Individuen mit identischer Anzahl von Chromosomensätzen möglich. (z.B. bilden Pflanzen häufig triploide oder tetraploide Chromosomensätze und sind somit von ihrer Ursprungsart mit haploidem Chromosomensatz genetisch isoliert).